Mahekauplustes müüakse vahel ka tavatoodangut, seega tuleb ikkagi jälgida iga konkreetse toote märgistust. Kui toode on märgistatud mahetootena, siis võib küll kindel olla, et keemiat ei ole kasutuatud. Kõik mahetootjad (nii põllumehed kui ka töötlejad) on riikliku järelevalve all ja peavad järgima ELi mahepõllumajanduse määrustega kehtestatud nõudeid.

Kes ja kuidas kontrollib

Mahepõllumajanduse nõuete täitmist kontrollitakse põhjalikult, seda teevad olenevalt riigist kas eraõiguslikud või riiklikud järelevalveasutused.

2001. a kehtestati riiklik kontrollsüsteem. 2010. a kontrollis põllumajandustootjaid Põllumajandusamet; mahetoidu töötlejaid, turustajaid ja toitlustajaid Veterinaar- ja Toiduamet (VTA). Mahepõllumajandusega tegeleda soovija peab kõigepealt taotlema Põllumajandusametilt või VTAlt ettevõtte tunnustamist.

Kui avastatakse nõuete rikkumine, on võimalik teha ettekirjutus, määrata trahv, keelata toodangu mahepõllumajandusele viitav märgistamine, nõuda üleminekuaja uuesti alustamist, ettevõtte tunnustamise otsuse kehtivus peatada või tunnustamise otsus kehtetuks tunnistada.

Nii tunnustamise kui ka järelevalve eest peavad maheettevõtjad igal aastal tasuma riigilõivu. Igal aastal väljastavad järelevalveasutused
ettevõttele tõendava dokumendi, kus on kirjas, milline toodang on ettevõttes mahe.

Mahepõllumajanduse valdkonnas tegutsevate ettevõtete nimekiri asub Põllumajandusameti veebilehel www.pma.agri.ee (Valdkonnad > Mahepõllumajandus > Mahepõllumajanduse register).

Kuidas mahetoodet ära tunda

Märgistatakse Euroopa Liidu mahelogoga, mis on kõigil mahetoodetel kohustuslik alates 1. juulist 2010. Lisaks sellele võib, aga pole kohustuslik kasutada Eesti riiklikku ökomärki. Mahetootel kasutatakse mõisteid „mahepõllumajanduslik” ja „ökoloogiline” ning nende tuletisi või deminutiive kas eraldi või kombineerituna.

Kui töödeldud toidus on mahetoodangut vähem kui 95%, ei või mahepõllumajandusele viidata selle müüginimetuses, seda saab teha vaid koostisosade loetelus. Ühtlasi näidatakse ära mahepõllumajanduslike koostisosade koguprotsent põllumajanduslikku päritolu koostisosade üldkogusest. Kasutada ei tohi ELi mahelogo ega Eesti riiklikku ökomärki.