Esimene ja väga oluline etapp on naturaalselt kääritatud rukkijuuretise valmistamine. Lihtsamalt öeldes on naturaalselt kääritatud rukkijuuretis rukkijahu (tavaliselt kasutatakse selleks rukkikroovjahu) ja vee segu vajalike ning sobivate piim- ja äädikhappe bakteritega. Optimaalselt käärinud juuretist (õiges vahekorras piim- ja äädikhapped) kasutades küpseb leib ühtlasemalt, on aromaatse maitse ja parema poorsusega, elastsem, seda on parem lõigata ja see säilib kauem.

Juuretise valmistamisel on mitu etappi:

1) jahust ja veest segu valmistamine;
2) emajuuretise ehk starteri lisamine. Tavaliselt kasutatakse selleks valmis käärinud
juuretist;
3) juuretise käärimine. See võib võtta aega kuni 10 tundi olenevalt kasutatud tehnoloogiast.

Kõige selle juures on väga oluline, et tingimused, mille juures juuretist valmistatakse, oleksid alati ühesugused. Olulised näitajad, mida peab juuretise valmistamise juures jälgima, on järgmised.

- Konsistents ehk jahu ja vee suhe. Kui juuretis on liiga vedel, toimub käärimine liiga aktiivselt ja sama käärimisaja juures tekib soovitust rohkem happeid (eelkõige äädikhapet), mille tõttu võib valmida liiga hapu leib. Samas võib valmis leib jääda väikese mahuga, mis omakorda väljendub tihedas ja plingis sisus. Kui aga juuretis on liiga paks/tahke, käärib juuretis vastupidi aeglasemalt ja sama käärimisaja juures jääb juuretis „noor” ehk on liiga madala happesusega. Selline leib jääb liiga
madala happesusega ja selle maitse on „tühi” ning toode võib jääda väikese mahuga. Probleeme on võimalik mitmesuguste tehnoloogiliste võtetega lahendada, kuid mõistlikum on püüda hoida stabiilseid tingimusi.

- Temperatuur. Tavaliselt on juuretise valmistamiseks vajalik kindel temperatuurivahemik, mis tagab stabiilse ja õige tulemuse. Kui temperatuur on vajalikust kõrgem, siis tõuseb happesus liiga kiiresti. Võivad tekkida samalaadsed probleemid mis juuretise konsistentsi puhul ning lisaks võib valmistatava taina temperatuur tõusta omakorda soovitust kõrgemaks.

- Käärimisaeg. Liiga lühikese käärimisaja korral tekib juuretisesse vähem happeid. Liiga pikk käärimisaeg halvendab aga juuretise kvaliteeti, kuna happeid tekib liiga
palju.

Rukkileiva maitse oleneb väga suurel määral piim- ja äädikhappe vahekorrast leivas. Liigne äädikhape annab leivale terava, hapu maitse; vähene äädikhappe sisaldus muudab leiva maitse „tühjaks” ning viib tasakaalust välja leiva lõhna- ja maitsebuketi. Teine oluline etapp on keedu valmistamine. Keedu lisamine tainasse parandab leiva kvaliteeti, taina füüsikalisi omadusi, suurendab taina suhkrusisaldust, tooted värvuvad intensiivsemalt ja on maitsvamad, toote sisu on ühtlasema poorsusega ning leiva tahkumine/vananemine aeglasem. Kõikide leivasortide valmistamiseks ei pea kasutama ilmtingimata keetu, kuid lisanduvad positiivsed omadused kallutavad tootjaid siiski otsustama keedu kasuks.

Keedu valmistamiseks lisatakse kuuma vett osale retseptis olevale jahule ja segatakse läbi, kuni tekib ühtlane mass. Samal ajal algab juba suhkrustumise protsess, mille tulemusena laguneb jahus olev tärklis suhkruteks. Mõne aja pärast lisatakse vastavalt toote retseptile rukkilinnasejahu (valget või punast) või lihtsalt rukkijahu kuni 5% jahust. Lisatud linnased parandavad toote mahtu, kooriku värvust, leiva maitset ja aroomi. Keetude valmistamisel peab jälgima, et nende konsistents oleks ühtlane, ning keet tuleb jahutada vajaliku temperatuurini. Kui mõlemad etapid on lõpetatud, saab alustada taina tegemist. 

Taina valmistamisel on põhimõtteliselt kaks eri valmistusviisi:

1. keedu kääritamine naturaalse juuretisega. Saadud segu peab käärima paar tundi,
seejärel lisatakse jahu ja muud koostisosad ning segatakse tainas;
2. keedu ja juuretise samaaegne lisamine koos teiste koostisosadega ning taina segamine.
Kõik etapid võtavad palju aega ning ka taina segamisega ei saa kiirustada. Rukkitaina segamine erineb oluliselt nisutaina segamisest. Leivataina segamine võtab kaks-kolm korda rohkem aega, sest see ei kulge nii intensiivselt.

Leivatainaste segamisel leiva tüübi järgi ei ole suuri erinevusi, kuid mõned siiski on.