Järelevalvemenetluse käigus kontrolliti, kas MKMil oli õigus parvlaevateenuse osutaja leidmiseks valida kõige erandlikumat hankemenetluse liiki. Läbipaistmatu ja raskesti kontrollitav väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetlus on kõige erandlikum menetlusliik, kuna hankija peab läbirääkimisi ainult enda kutsutud pakkujatega. Järelevalvel tekkis kahtlus, kas MKMi põhjendused hankeliigi valikuks on piisavad. Ka Euroopa Kohtu praktika järgi peab sellist valikut selgelt põhjendama.

Järelevalvemenetluse algatamisel paluti MKMil esitada rahandusministeeriumile menetlusliigi valiku põhjendused. Kuna esitatud selgitused järelevalvet ei veennud, siis saadeti MKMile ja menetlusosalistele menetluse kehtetuks tunnistamise kavatsus ehk otsuse projekt, millele oodati põhjalikumat tagasisidet.

MKM esitas rahandusministeeriumile täiendavad põhjalikud selgitused menetlusliigi valiku kohta. Neid analüüsides leidis riigihangete järelevalve, et MKMi poolt esitatud neljast põhjendusest pakkumuse olemusliku erinevuse kohta saab nõustuda ühega, millest piisab väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse liigi valiku lubatavuseks.

Ainus olemuslik erinevus, millega rahandusministeerium nõustus, oli Väinamere Liinid OÜ esmases pakkumuses puudunud tõestus valmisoleku kohta rendilepingu lõppedes laevad riigile müüa.

"Analüüsides MKM-i täiendavaid selgitusi ja põhjendusi ning võttes arvesse kõiki eelpool toodud asjaolusid, leiab RM, et avaliku liiniveo teostamiseks kasutatavate reisiparvlaevade müümise õiguse realiseerimiseks vajaliku laevade omaniku kinnituse puudumine võib olla käsitletav pakkumuse olemusliku erinevusena hankelepingu eseme tehnilisest kirjeldusest," seisab otsuses.

"Laevade hilisem väljaostuõigus on lisaks reisijateveo teenuse osutamisele üheks oluliseks riigihanke eesmärgiks. Seega juhul, kui pakkujal ei ole teenuse osutamiseks kasutatavate laevade omandiõigust ning pakkumuses ei ole esitatud tõendusmaterjali, mille alusel oleks hankijal võimalik veenduda, et pakkuja oleks laevade omanikult saanud nõusoleku peale lepinguperioodi lõppemist kasutatavad laevad hankijale müüa, ei ole hankijale teada, kas pakkuja pakkumus sisaldab laevade hilisemat väljaostmise võimalust. Kui pakkumus sisaldab vaid reisijateveo teenuse osutamist, on tegemist osalise pakkumusega."

MKM oli oma selgitustes rahandusministeeriumile kirjutanud, et Väinamere Liinid OÜ esitas osalised tõendid kolme laeva kasutusõiguse kohta, millega on võimalik alates 1. jaanuarist 2016 liine teenindada, ent ei olnud laevade omanik. "Pakkumus ei sisaldanud laevade omaniku nõusolekut laevade müügiks. Järelikult ei pakkunud pakkuja hankijale ostuoptsiooniga müügiks ühtegi laeva, mistõttu laevade ostmise osas pakkuja pakkumust ei esitanudki," väitis MKM.