Koha Eesti Raudtee nõukogus oli sunnitud loovutama kinnisvaraärimees Janno Rokk, kes kuulus nõukogusse alates 2008. aasta oktoobrist.

Ministeeriumi avalike suhete osakonna juhataja Kalev Vapper ütles vangerdust raudteefirma nõukogus põhjendades, et Eesti Raudtee jagunemise järgselt on ministeeriumi ülesannetest lähtuvalt olulisem majandus- ja kommunikatsiooniministeeriumi esindaja kuulumine raudtee infrastruktuuri majandava äriühingu nõukogusse.

Eesti Raudtee nõukogusse kuuluvad lisaks Jüri Raatmale Taavi Madiberk ja Aivar Sõerd.

Eesti Raudtee juhatuse esimees on Ahti Asmann ning juhatuse liikmed Sergei Fedorenko ja Arvo Smiltinš.