16. novembril 2016 allkirjastasid Innovatsiooni ja Võrgustike Rakendusamet (INEA), kolme Balti riigi ühisettevõte RB Rail AS ning Eesti Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium, Läti Transpordiministeerium ja Leedu Transpordi- ja Kommunikatsiooniministeerium rahastusleppe kogumahuga 225 miljonit eurot Rail Balticu kiirraudteevõrgustiku rajamiseks. Leppe kohaselt on Euroopa Ühendamise Rahastu (CEF) toetus Rail Balticuga seonduvate tegevuste elluviimiseks 191 miljonit eurot, mis moodustab 85% projekti abikõlblikest kuludest. Lepe on täienduseks 23. novembril 2015 allkirjastatud esimesele rahastusleppele.

Eesti tegevuste kogumaht on teise rahastusleppe kohaselt 13 miljonit eurot (CEFi toetus - peaaegu 11 miljonit eurot), millest enamik kasutatakse RB Ülemiste terminali ja Tallinna lennujaama vahelise trammiliini rajamiseks, millega tehti algust juba 2016. aastal. Muude tegevustena viiakse läbi RB Ülemiste terminali ja Tallinna Vanasadama vahelise kergraudtee või trammiühenduse teostatavusanalüüs (sh ruumi- ja tehniline analüüs) ning koostatakse eelprojekt analüüsi tulemusel väljavalitud lahendusele. Samuti koostatakse uuring täiendava multimodaalse kaubaterminali võimalike tehniliste lahenduste väljatöötamiseks Muuga sadama piirkonnas ning rahastatakse muid uuringuid, sh ehitusliku kontseptsiooni ja ehituslogistika lahenduste väljatöötamist, RB üldise energiavarustussüsteemi parendamise ning Pärnu kaubaterminaliga seonduvad uuringud.

Lätis rahastatakse 0,6 miljonit euro ulatuses (CEFi toetus - 490 tuhat eurot) uuringut RB raudteeinfrastruktuuri mõjust Riia rahvusvahelise lennujaama infrastruktuuri toimimisele ning arheoloogilisi uuringuid Rail Balticu marsruudil.

Leedus suunatakse 211,5 miljonit eurot (CEFi toetus - 180 miljonit eurot) Leedu territooriumil põhjasuunalise raudteelõigu (vahemikus Kaunas-Panevežys) rajamisse. Lisaks koostatakse uuring Poola-Leedu riigipiiri ning Kaunase vahelise 1435 mm rööpalaiusega raudteeliini uuendamiseks, tagamaks liini vastavus Rail Balticu projekti tehnilistele standarditele - tegevuskava väljatöötamine rongide sõidukiiruse suurendamiseks ning Euroopa raudteeliikluse juhtimissüsteemi (ERTMS) paigaldamiseks vajalikeks töödeks lõigul.

Rail Balticu rajamiseks seni sõlmitud rahastuslepete kohaselt on CEFi toetus projekti tegevusteks kokku ligikaudu 633 miljonit eurot, mille maht Eesti tegevuste osas on 186 miljonit eurot, Läti tegevusteks umbes 238 miljonit eurot ja Leedu tegevusteks ca 203 miljonit eurot. Toetus projekti keskseks juhtimiseks ühisettevõttele RB Rail AS on ca 6 miljonit eurot.

Ühisettevõte RB Rail AS vastutab projektis osalevate riikide ees muuhulgas Rail Balticu rahastamise ühistaotluste esitamise eest. Ühisettevõtte kui Rail Balticu riikide-üleste tegevuste keskse koordinaatori rolliks on tegevuste elluviimise juhtimine, ajakava täitmine, tegevuste aruandluse koostamine rahastajaile.