Juhatuse liikmetele makstakse tagasikutsumise korral hüvitisena kolme kuu
palk. Nõukogu liikmetele tagasikutsumisel hüvitist ei maksta. Heade töötulemuste eest on igal juhatuse liikmel õigus saada kuni nelja kuutasu ulatuses lisatasu. Lisatasu suuruse otsustab nõukogu.

Ettevõtte äritulud olid 2016. aastal 35,4 miljonit eurot (2015 - 39,6 miljonit eurot). Riiklik toetus tegevuskulude katteks oli 15,6 miljonit eurot (2015 - 15,2 miljonit), mis moodustas 44,1 % ettevõtte ärituludest (2015. aastal 38,4%). Ärikulud ulatusid 33,5 miljoni euroni (2015 - 31,7), mis oli 5,7 % rohkem kui 2015. aastal.

Eesti Liinirongide suurim kuluartikkel infrastruktuuri kasutustasu oli 2016. aastal 11,1 miljonit eurot ja moodustas 33,1 % ärikuludest (2015 - 10,6 mln eurot), järgnesid tööjõukulud 6,6 mln euroga, moodustades kõigist ärikuludest 19,7 % (2015 - 6,2 mln eurot).

Piletimüügitulu oli 2016. aastal kokku 12,168 miljonit eurot, mis on 3,4% rohkem kui 2015. aastal. Piletitulu on lisaks reisijate arvu tõusule aidanud kasvatada väljumiste lisamine pikematel diiselrongiliinidel, kus ka keskmise sõidu pikkus ja seega ka keskmine piletihind on suuremad.

Negatiivselt mõjutasid piletitulu Tapa-Tartu lõigu ja edelasuuna remonttööd, tihenenud konkurents bussiliinidega ja samuti esimesel poolaastal madalad kütusehinnad.

Kuna iga Elroni elektrirong toodab pidurdusel elektrit ja kasutab seda ise või annab samal liinil sõitvale teisele rongile, siis ostame Eesti Raudteelt veoelektrit selle võrra vähem. 2016. aastal oli omatoodetud elektri osakaal 5%. Tegelik kogukulu veoelektrile aastas oli 906 881 eurot. Elektrit ostetakse börsihindadega ja 2016. aastal kujunes keskmiseks hinnaks 0,0698 €/kWh (2015 - 0,0689 €/kWh).

2016. aasta tegelik kulu diiselkütusele kokku 4 115 382 eurot. Keskmine kütuse kulu 2016. aastal ühe kilomeetri kohta oli 1,62 liitrit. 2015. aastal kulus kilomeetrile 1,61 liitrit. 2016. aasta keskmine diislikütuse ostuhind oli 0,782 €/liiter. 2015. aastal oli see 0,813 €/liiter.

Rongide korraliste hoolduste kulu oli mullu kokku 371 849 eurot, mis tegi ühe hoolduse maksumuseks keskmiselt 651 eurot. Eelmisel aastal lisandus hoolduskuludele eelarveväliselt diiselmootorite pihustite vahetus kogusummas 314 528 eurot. Pihustite vahetuse tingis diiselrongide suurem läbisõit võrreldes esialgsete prognoosidega.

Plaaniväliste remondikulude kogusumma oli 2016. aastal 810 086 eurot, millest 251 216 eurot kulus rattapaaride vahetusele. Rongide kolmeaastase ekspluatatsiooni käigus on ilmnenud, et Eesti kliimasse ei sobi Euroopas kasutatava terase R8 materjalist rattad, sest teatud tingimustes (külm ja vesine) toimub ratta veerepinna termiline pindkarastus, mille tõttu tekivad kildmurrud ja rattapaaride eluiga väheneb poole võrra.

2016. aastal oli veeremi hoolduste ja remontidega seonduvate materjalide kulu kokku 1 360 891 eurot, mis teeb rongi kohta 35 813 eurot aastas.

Eelmisel aastal hindas Elron alla ja kandis maha seismajäänud varusid summas 129 544 eurot. Varuosad summas 2 610 962 eurot klassifitseeriti ümber põhivaraks.