Suur maksukoormus on kas üldiseks või väga oluliseks probleemiks 56%le VKEdest. Ka 2008. aastal oli see VKEde jaoks peamine arengut takistav tegur (46%). See on üllatav tulemus, sest Eestis on ettevõtjate maksukoormus palju madalam kui tööjõu või tarbijate maksukoormus, selgus uuringust.

Ilmselt on ettevõtjad tunnetanud majandussurutise aegset käibemaksu ja töötuskindlustusmakse tõusu enda maksukoormuse tõusuna. Samuti on võimalik, et ettevõtjad pole rahul tööjõu suure maksukoormusega, mis teeb töötaja nende jaoks kalliks.

Maksukoormuse probleemi peavad olulisemaks Eesti kirdeosa (73%) ja lõunaosa (61%) VKEd. Samuti peavad seda olulisemaks väikesed ettevõtted (63%), mõnevõrra vähem mikroettevõtted (56%) ja märgatavalt vähem keskmise suurusega ettevõtted (41%). Tegevusalade järgi on jaotus ühtlasem, teistest eristub üksnes ehitusvaldkond, kus tegutsevatest VKEdest peab maksukoormust probleemiks 67%.

Turu leidmisega on probleeme 43%l VKEdest. Selle teguri olulisus on suurenenud tõenäoliselt just majandussurutise tagajärjel, sest 2008. aastal peeti seda vähemtähtsaks teguriks. Eriti terav on see
probleem Kirde-Eestis (71% VKEdest) ja töötleva tööstuse tegevusalal (55%). Teistes piirkondades ja muudel tegevusaladel takistab see ligikaudu 40% VKEde arengut. Eraldi tasub nimetada, et keskmise
suurusega ettevõtted ei pea turu leidmist väiksematega võrreldes raskeks. Ainult 26% keskmise suurusega ettevõtete jaoks on see oluline või üldine probleem.

Klientide maksmata või viivitatud arved takistavad jätkuvalt VKEde arengut. See on üleüldine probleem, st puudutab kõiki piirkondi, mis tahes suurusega ettevõtteid ja tegevusalasid suhteliselt võrdselt. Erandiks võib pidada ehitusvaldkonda, kus probleemi tunnetatakse teravamana.

Koormavad õigusaktid ja liigne bürokraatia pärsivad 38% VKEde arengut. Positiivsest küljest võib öelda, et 2008. aastal oli see tegur pärast suurt maksukoormust tähtsuselt teisel kohal (44% VKEde
jaoks).