Vaatamata indeksfondide mitmele eelisele ohustab neid passiivsest investeerimisstrateegiast tulenevalt kontsentratsiooni- ja likviidsusrisk. Kuna suur osa indekseid põhinevad kapitalisatsioonil, on suurema kapitalisatsiooniga ettevõtete väärtpaberite osakaal nendes indeksfondides teistest ettevõtetest suurem. See aga tähendab, et nii tulusust kui ka riski mõjutavad suuremate emitentide väärtpaberid teistest suhteliselt enam ning võrreldes aktiivselt juhitud fondidega ei ole indeksfondidel võimalik seda riski juhtida varade osakaalu muutmisega. Teine risk, mis samuti tuleneb indeksfondide varade valiku piiratusest, on likviidsusrisk. Nimelt on indeksisse kuuluvate väärtpaberite turulikviidsus erinev, mis tähendab seda, et erinevalt aktiivselt juhitud fondidest ei saa indeksfondid oma likviidsusriski aktiivselt juhtida. Seetõttu võib investorite raha suuremahulise väljavoolu puhul indeksfondidel tekkida raskusi vähem likviidsete varade realiseerimisega.

Osa indeksfondidega seotud riske võib olla süsteemset laadi ja ohustada seetõttu finantsstabiilsust. Kuna indeksfondi investeerimisstrateegiaks on investeerida kõikidesse indeksisse kuuluvatesse ettevõtetesse, siis muutub kõikide emitentide väärtpaberite nõudlus ja pakkumine üheaegselt, kui investorid indeksfondi raha paigutavad või seda sealt välja võtavad. See aga tähendab omakorda seda, et üksikute indeksisse kuuluvate väärtpaberite hind ei pruugi enam peegeldada ettevõtte enda väärtpaberi väärtust, mis võib omakorda võimendada hinnamullide teket väärtpaberiturgudel ning samuti hindade langust.

Lisaks suureneb indeksfondide populaarsuse kasvuga investeeringute homogeensus ning seetõttu muutub ka investorite käitumine sarnasemaks. See võib aga kaasa tuua olukorra, kus investorid hakkavad fondiosakuid kriisiolukorras üheaegselt realiseerima ning selle tagajärjel võimendub hindade langus väärtpaberiturul.

Eesti pensionifondide turul on fondivalitsejad toonud turule mitu indeksfondidesse investeerivat pensionifondi, kuid nende populaarsus pensionikogujate seas on praegu veel väike ning nende roll Eesti finantssektoris marginaalne.

2017. aasta juuni lõpu seisuga moodustas nii indekspensionifondidesse investeerinud pensionikogujate arv kui ka fondide maht kogumispensionifondide kogumahust ja pensionikogujate koguarvust 1%. Väike osakaal on tingitud esiteks sellest, et need pensionifondid on turul olnud veel vähe aega. Teiseks ei ole kohustuslike kogumispensionifondidega liitujad Eestis üldse kuigi aktiivsed fondide vahetajad ning kolmandaks ei ole fondivalitsejad selliste pensionifondide väikese haldustasu tõttu eriti agarad neid kogujatele pakkuma.

Indeksfonde puudutavad süsteemsed riskid avaldavad Eesti kogumispensionifondide varadele otsest, kuid piiratud mõju. Kuna Eesti kogumispensionifondide varade maht on globaalses mõistes on suhteliselt väike, siis indeksfondidega seotud süsteemsete riskide osas ei ole Eesti kogumispensionifondid riskiallikad, vaid riskivõtjad.

Tervikuna aitab süsteemset riski vähendada kogumispensionifondide pikaajaline investeerimishorisont. Samas võib süsteemse riski realiseerumine aga mõjutada pensionikoguja individuaalse pensionivara väärtust just kogumisperioodi lõpuosas. Seepärast on indeksisse investeerivate pensionifondide juures nagu ka teiste pensionifondide puhul oluline, et pensionikogujad pööraksid sellele riskile tähelepanu ning vähendaksid seda pensionivara ümberpaigutamisega väiksema riskiga fondidesse kogumis-perioodi lõpul.