Raudteevõrk on praeguseks hakanud riigieelarvest suuri summasid nõudma. Üle kümne aasta tagasi sai raudtee ise hakkama tänu Vene mahukaupade hoogsale transiidile. Vedamise eest makstavast kasutustasust kattis Eesti Raudtee taristu pidamise kulud. Kauba hulk ja selle eest makstavad kasutustasud olid suurimad enne 2006. aastat. Raudteel liikus aastas üle 40 miljoni tonni kaupa.

Suurim kaubavedaja on raudteel olnud Operail, mis eraldus Eesti Raudteest ja sai iseseisvaks ettevõtteks 2009. aastal. Operaili juhatuse liige Merle Kurvits ütleb, et sellest ajast on nad kõige enam kasutustasudesse panustanud 2012. aastal, kui tuli maksta 32,7 miljonit eurot. Raudteel on veel mõned kaubavedajad, kuid nende osa on seni olnud Operailiga võrreldes marginaalne.