Ettevõtete juhatuse esimehe ja tegevdirektori ülesanneteks on terviklik strateegiline juhtimine ja äriprotsesside eesmärgipärane arendamine ning nende elluviimine.

EVR Cargo juhatuse kohustuseks on ettevõtte võimekuse kasvatamine ja positsiooni kindlustamine rahvusvahelisel kaubaveoteenuste turul. EVR Infra juhatuse peab kasvatama ettevõtte võimekust ning kindlustama Eesti raudteetaristu konkurentsivõime ja Rail Baltica arendamisel.

Mõlema, juhatuse liikme ja finantsdirektori ülesandeks on finantsvaldkonna juhtimine ja arendamine.

AS Eesti Raudtee kontserni kuuluvad raudteeinfrastruktuuri ettevõte AS EVR Infra ja raudteekaubaveo ettevõte AS EVR Cargo. Alates 1. juulist tegutsevad EVR Infra ja EVR Cargo iseseisvalt. Eesti Raudtee kaubamärgi all jätkab EVR Infra ning AS Eest Raudtee likvideeritakse.