Tasuta saab lennule registreeruda lennufirma kodulehel või lennujaama check-in'i automaadis.

Lennule registreerimise tasu ei kehti Flex ja Business piletiga reisijatele, SAS EuroBonus hõbe- ja kuldkaardi omanikele olenemata piletist, reisijatele, kelle lend on tühistatud ja asendatud teise lennuga. Samuti grupitellimusega reisijatele ja erivajadustega reisijatele - üksi reisivad alaealised, nägemis- või kuulmishäiretega, lisatooli jne vajavad reisijad -, kes saavad endiselt check-in'i lauas tasuta registreeruda.

Estonian Airi kodulehel saab check-in'i teha 22 tundi enne plaanipärast väljumist lendudele, mis algavad Amsterdamist, Brüsselist, Kopenhaagenist, Tallinnast, Vilniusest, Oslost, Pariisist, Trondheimist, Stockholmist ja Nizzast.

Check-in'i tasu ei kehti nendes lennujaamades, kus iseteenindus pole hetkel veel võimalik (Moskva, Kiievi ja Peterburi lennujaamas). Transiitreisijad, kes alustavad oma reisi teiste lennufirmade opereeritavatel lendudel ja jätkavad oma reisi samal päeval Estonian Airi teenindataval lennul, saavad lennule registreeruda tasuta lennujaama transiit check-in lauas, transiitkeskuses või väravas.