Eesti Arengufondi kõrgeim juhtimisorgan on üheksaliikmeline nõukogu. Nõukogu liikmeteks on Vabariigi Valitsuse, riigikogu ning avalik-õiguslike ülikoolide rektoreid ühendava organisatsiooni nimetatud isikud.

Eesti Arengufondi seaduse kohaselt nimetab valitsus kaks nõukogu liiget valitsuse liikmete hulgast tähtajaga kuni neli aastat, kuid mitte kauemaks kui nende volituste kehtivuse ajaks. Kuna eelmiste valitsuse poolt nimetatud nõukogu liikmete - majandus- ja kommunikatsiooniminister Juhan Parts ja rahandusminister Jürgen Ligi -, volitused lõppesid eelmise valitsuse tagasiastumisega, tuli uue valitsuskoosseisu ametisse astumisega nimetada valitsuse poolt uued nõukogu liikmed.

Arengufond on riigikogule alluv avalik-õiguslik asutus, mille eesmärgiks on kaasa aidata Eesti majanduse arengule, toetades positiivseid muutusi Eesti majanduses investeerimistegevuse, arenguseire- ja kasvuprogrammide kaudu. Arengufond toetab innovatsiooniteadlikkuse tõusu, uuenduslike äriideede esilekerkimist ning ettevõtlikkuse kasvu ühiskonnas tervikuna.