Fondi loomisest, s.o 1993. aastast oli nõukogu liige Eesti Panga presidendina Siim Kallas, alates 1995. aasta 21. märtsist Eesti Panga presidendi ülesannete täitjana ja hiljem presidendiks saanuna Vahur Kraft.

Rahandusministrina oli fondi nõukogu liige selle loomise järel Madis Üürike, alates 11. jaanuarist 1994 Heiki Kranich, 27. juunist 1994 Andres Lipstok ning 17. aprillist 1995 kuni fondi sihtasutuseks ümberkujundamiseni Mart Opmann.

Kuigi põhikirja järgi pidi fondi igapäevast tegevust juhtima fondi nõukogu, jäi tegelikkuses nõukogu roll formaalseks. Fondi nõukogu töökorraldust kirjalikult ei talletatud.

Rahandusministrina nõukogusse kuuluma pidanud Andres Lipstok väitis, et tema rahandusministriks oleku ajal nõukogu kokku ei kutsutud, samuti ei mäletanud ta, et talle oleks fondi tegevuse kohta teavet jagatud.