Leedo ettevõte Väinamere Liinid OÜ heitis ministeeriumile ette mitmeid parvlaevahankega seotud punkte. Taotluse kohaselt tekitas ministeerium hankijana kaebajale kahju järgmise tegevusega: keelatud riigiabi andmine ja seeläbi ühispakkujate soosimine, erapooliku hankekomisjoni moodustamine ja ühispakkujate abistamine komisjoni liikmete poolt, ühispakkujaid eelistavate hanketingimuste kehtestamine, olulise finantstoe pakkumine ühispakkujale vastustaja ja AS Tallinna Sadam poolt, ühispakkujate pakkumuse tagasi lükkamata jätmine, Euroopa Komisjoni nõusoleku küsimata jätmine, ühispakkujate hankemenetlusest kõrvaldamata jätmine, ühispakkujate kvalifikatsiooni puudulik kontrollimine ja tühiste projekteerimis- ja ehituslepingute arvestamine.

Pea 24 miljoni euro suurune summa tuleb Väinamere Liinide põhjendusel saamata jäänud kasumist, mida ettevõte oleks teeninud kui oleks saanud järgmiseks 10 aastaks parvlaevade operaatoriks.

Riigikohus otsustas jätta jõusse Tallinna halduskohtu otsuse, millega kohus ei rahuldanud Leedole kuuluva osaühingu Väinamere Liinid kaebust majandus- ja kommunikatsiooniministeeriumi (MKM) vastu.