Nii eelmisel kui üle-eelmisel aastal maksis Eesti Raudtee nõukogu otsusega kõikidele töötajatele boonuseid ettevõtte heade töötulemuste eest. Näiteks eelmisel aastal maksti peale 2009. aasta majandustulemuste kinnitamist Eesti Raudtee töötajatele boonusteks kokku 14 miljonit krooni. Lisaks maksti detsembris kõikidele töötajatele, kes ettevõttes töötanud aasta 2360 krooni toetust, mis teeb kokku lisaboonuseid ligi 4 miljonit krooni.

Vähetähtis pole ka fakt, et majanduslanguse aastatel, kui enamik ettevõtteid ja riigiasutusi kärpisid tuntavalt töötajate palku, säilitas Eesti Raudtee töötajate palgad varasemal tasemel. Kui 2010. aastal oli Eesti keskmine palk 12 334 krooni, siis Eesti Raudtee töötajate keskmine palk oli Eesti keskmisest üle 17 protsendi kõrgem ehk 14 866 krooni. Selle aasta alguses tõstis Eesti Raudtee 140 töötaja palku, kelle töötasu oli seni miinimumpalga lähedal.

Ametiühingud on väljendanud meelepaha, et Eesti Raudtee nõukogu premeeris mullu juhatuse liikmeteid kahe kuupalga suuruse boonusega. Samas teenis Eesti Raudtee 2009. aastal puhasksumit 120,4, miljonit ja 2010. aastal 328,7 miljonit krooni.

Eesti Raudtee juhatuse esimehe Kaido Simmeramnni kuupalk 2010. aastal oli 140 000 krooni ja juhatuse liikme Priit Halleri kuupalk 120 000 krooni. Ettevõtte juhatus on kaheliikmeline. Enne ettevõtte riigile tagasiostmist teenis Eesti Raudtee juhatuse esimees kuus ligi pool miljonit krooni ja juhatuse liikmed sarnastes suurusjärkudes, kusjuures juhatuse kooseis oli senisest 3-4 korda suurem.

Kui võrrelda Eesti Raudtee juhtide palku näiteks naabritega, siis Venemaa Raudteede peadirektor teenib praegu kroonidesse ümber arvestatult kuus 1,55 miljonit krooni ja regionaalsete raudtee-ettevõtete juhid üle kolmveerand miljoni.