Linn leidis, et tehase asukoha planeerimiseks on valitud vale planeeringu liik ning sisuline tehase asukoha eelvalik tehti juba enne riigi eriplaneeringu algatamist. Linn leidis veel, et õigusliku aluseta riigi eriplaneeringu läbiviimine sekkub õigustamatult Tartu linna enesekorraldusõigusesse ja tehase rajamisega kaasneb ilmselgelt oluline negatiivne keskkonnamõju, mis avaldub Tartu linnas.

Valitsus vastas kohtule, et riigi eriplaneeringu algatamine ning koostamine ei riku mingil moel linna õigusi, huve ega keskkonda, kuna selle alusel puidurafineerimistehase rajamist, tingimusi ega asukohta veel ei otsustata.

Kohus leidis, et planeeringu algatamine kaebaja õigusi ei riku, kuna sellega ei kaasne tingimata eriplaneeringu kehtestamist ja tehase ehitamist. Tartu linnal on võimalik tulevikus vaidlustada eriplaneeringu kehtestamise otsus, kui planeerimisega nii kaugele jõutakse. Linnal aga puudub õigus nõuda avalikest huvidest lähtuvalt algatatud eriplaneeringu lõpetamist.

Kohus selgitas: „Käesoleval hetkel ei ole võimalik väita, et riigi eriplaneeringu algatamine viiks vältimatult Tartu linna õiguste rikkumiseni. Seadusest tuleneva kaebeõiguse piirangu eesmärk on vältida olukorda, kus hinnang menetluse lõpptulemusele antakse ebapiisava teabe pinnalt.“

Kaebuse tagastamine ei võta õigust pöörduda uuesti kohtusse kuna selle tagastamisel loetakse, et kaebus ei ole kohtu menetluses olnud.

Varasemalt on keskkonnaorganisatsioonidena sama korraldust vaidlustanud ka MTÜ Eesti Metsa Abiks ja MTÜ Emajõe Kaitseselts. Mõlemad kaebused on samuti tänaseks tagastatud läbivaatamatult ning üks neist on ka jõustunud.

Tänase määruse võib vaidlustada Tallinna Ringkonnakohtus 15 päeva jooksul.