MTÜ-d leidsid halduskohtule esitatud kaebustes, et maakonnaplaneeringud on õigusvastased nii menetluslike rikkumiste tõttu kui ka sisuliselt. Kaebajate hinnangul oleks Rail Balticu jaoks tulnud kasutada olemasolevat raudteetrassi. Nende hinnangul ei selgitatud piisava põhjalikkusega välja trassi asukoha keskkonnaseisundit ja raudtee mõju looduskeskkonnale, sealhulgas kaitstavatele linnuliikidele.

Tallinna halduskohus ja Tallinna ringkonnakohus on varasemalt jätnud kodanikeühenduste kaebused rahuldamata. Tänase määrusega võttis riigikohus need nüüd oma menetlusse. Samas samade maakonnaplaneeringute vaidlustamiseks esitatud MTÜ Eesti Geograafia Seltsi kassatsioonkaebuse jättis riigikohus menetlusse võtmata.

Tallinna ringkonnakohus põhjendas selle aasta juunis, et jättis kodanikuühenduste taotlused rahuldamata, kuna nende väited justkui oleks uue raudtee maakonnaplaneeringutega rikutud seadust ja õigusi, ei ole põhjendatud. Mullu septembris leidis Tallinna halduskohus, et suur osa kaebavate aktivistide väidetest on seotud otstarbekuse küsimusega ehk kohtuliku kontrolli alt välja jäävate kaalutlustega.

MTÜ-d ütlesid oma kaebuses, et maakonnaplaneeringute avalik väljapanek kestis ebamõistlikult lühikest aega ja toimus puhkuste perioodil, mistõttu ei olnud aktivistidele tagatud sisulist võimalust dokumentidega tutvuda ja ärakuulamisõigus oli tagatud üksnes formaalselt. Võrreldes keskkonnaameti poolse kooskõlastamise ajaga neli kuud oli kaebajale seisukohtade andmiseks määratud üks kuu liiga lühike.

Senised kohtuasted ei ole nõustunud kaebajate seisukohaga, et põhjalik analüüs tulnuks teha ka selgelt sobimatutele trassialternatiividele, sest seadus ega Euroopa Kohtu praktika ei kohusta hindama ebamõistlikke alternatiive. Ka ütles ringkonnakohus, et aktivistidel üldse polnudki õigust maakonnaplaneeringuid vaidlustada ning nad peavad takkatippu kinni maksma ka kohtupidamise kulud.