Ministeeriumi andmetel tõi PWC 2000. aastal laevakompanii kulusid analüüsides välja mitmeid ebakõlasid. Kuludest oleneb otseselt firmale makstav dotatsioon.

Näiteks kirjutab SLK kuludesse nii jooksva hooldus- ja klassitaastusremondi kui ka amortisatsiooni. PWC hinnangul on tegemist topeltkulude katmisega ning riik ei peaks eraldi amortisatsioonikulu maksma.

PWC audiitorite arvutuste kohaselt on SLK laevad 2004. aastaks täielikult amortiseerunud ja bilansis neil väärtust pole. Samas on nad siiani kasutamiskõlblikud, mis viitab põhjendamatult kõrgetele amortisatsioonikuludele.

Audiitorfirma hinnangul on laevade liisinguintresside arvestamine kulutuste hulka samuti põhjendamatu.

PWC leidis ka asjaolu, et SLK on rahastanud firma põhitegevusega mitteseotud ehitust 3,7 miljoni krooniga ning andnud laenu Leedo ettevõtetele.

Kahe viimase aastaga on SLK kulud kasvanud viiendiku võrra.

Laevakompanii esitab küll eeskujulikult iga kuu riigile dotatsiooni kasutamise aruande, kuid selget ülevaadet, millele konkreetselt raha kulub, ei ole. Ministeerium tunnistab, et läbirääkimistel dotatsioonide üle mingit SLK kulutuste süva-analüüsi ei tehta, otsus langetatakse suurel määral subjektiivselt.