1988. asutas Habakuk koos professor Marshall Fitzgeraldi (USA) ja Kanadas elava Ilmar Martensiga Eestis esimese äriharidust pakkuva erakõrgkooli – Estonian Business Schooli, kus ta töötas nii õppejõu kui koolijuhina. EBSi asutamisest kuni aastani 2000 oli Madis Habakuk EBSi president, aastatel 2003 – 2008 EBSi rektor. Alates aastast 2000 oli ta AS EBS Group juhatuse esimees. Habakuk on oma teadustöödes uurinud juhtimisteaduse probleeme ning mõõtnud esimesena kvantitatiivselt juhtimisalast lojaalsust.

Habakuk avaldas oma eluajal mitmeid raamatuid ning ta on lisaks Eestile panustanud oma teadmisi ja kogemusi ka mujal maailmas. 1992. aastal sai ta San Francisco Graduate School of Psychology audoktoriks ning aastal 1998 Who's Who of Professionals auliikmeks. Alates 1992. aastast oli ta Kesk- ja Ida-Euroopa Juhtimisarengu Assotsiatsiooni (Central and East European Management Development Association, CEEMAN) nõukogu liige ning alates 2007. aastast Euroopa Juhtimise Arendamise Fondi (European Foundation for Management Development, EFMD) nõukogu liige. 2013. aastal pälvis ta Ernst & Young Baltic AS poolt Eesti ettevõtluse elutöö preemia. 2014. aastal pälvis Habakuk Vabariigi Presidendi Toomas Hendrik Ilvese käest Valgetähe III klassi ordeni hariduselu edendamise eest.

Professor Madis Habakuk’e jääb mälestama kogu EBSi koolipere, kes avaldavad südamest kaastunnet Madis Habakuke perele ja lähedastele. EBSis (Lauteri 3, Tallinn) on avatud Madis Habakuke mälestusraamat.