Novembris 2012 valis Eesti Raudtee nõukogu Toomas Virro ettevõtte finantsjuhiks ja juhatuse liikmeks, vahetult enne teda ehk septembris 2012 sai juhatuse esimeheks Ahti Asmann.

Virro ütles Ärilehele, et oma lahkumise põhjuseid ta kommenteerida ei soovi. "Need on isiklikud põhjused ja viimastel nädalatel on Eesti Raudtee juhtimist niigi palju lahatud." Virro lisas, et tegi otsuse juba eelmisel esmaspäeval ja kuna tema tööleping näeb ette kolmekuulist etteteatamist, siis lahkub ta riigifirma juhatusest 1. juulil.

Juhatuse esimees Ahti Asmann teatas tagasiastumisest märtsikuu lõpus kui avalikuks olid saanud tema liiga heldekäeline kütusekaardi kasutamine. Eesti Raudtee nõukogu otsustas jätta Asmanni seniks ametisse, kuni leitakse uus juht. Praegu on konkurss uue juhatuse esimehe leidmiseks käimas.

Peale Virro ja Asmanni kuuluvad Eesti Raudtee juhatusse veel infradirektor Parbo Juchnewitsch ja liiklusdirektor Sergei Fedorenko. Kriitilises majanduslikus olukorras riigifirmas võib oodata vangerdusi ka nõukogus, mida äsjamoodustatud koalitsioon ümber mängima hakkab.

Täna kuuluvad EVR-i nõukogusse Raivo Vare, Urmas Sõõrumaa, Aivar Sõerd ja Indrek Paal.