Varja tuulepargi kohtuasjas – nagu mitme teisegi viimase viie aasta jooksul kohtusse jõudnud eraettevõtja tuuleenergia arenduse puhul – vaieldakse selle üle, kas kaitseministeeriumil oli õigus keelduda arenduse ehitusloale kooskõlastuse andmisest, kui kõik teised küsimused, mis ministeeriumile meelepärased ei olnud, said varasema menetluse käigus lahendatud.

Nagu teisteski kohtuasjades, kasutab kaitseministeerium ka antud asjas oma seisukoha tõestamiseks nii piiratud ligipääsuga kui ka riigisaladuseks kuulutatud kaitseväe ja NATO dokumente, et veenda kohut oma seisukoha õigsuses.